我是这样度过每一天
----向死而生-----
我是谁 之九
【原文】
When you don't play roles, it means there is no self (ego) in what you do. There is no secondary agenda: protection or strengthening of your self. As a result, your actions have far greater power. You are totally focused on the situation. You become one with it. You don't try to be anybody in particular. You are most powerful, most effective, when you are completely yourself."How can I be myself?" is, however, the wrong question. It implies you have to do something to be yourself. But how doesn't apply here because you are yourself already. Just stop adding unnecessary baggage to who you already are. "But I don't know who I am. I don't know what it means to be myself." If you can be absolutely comfortable with not knowing who you are, then what's left is who you are -- The Being behind the human, a field of pure potentiality rather than something that is already defined.Give up defining yourself -- to yourself or to others. You won't die. You will come to life. And don't be concerned with how others define you. When they define you, they are limiting themselves, so it's their problem. Whenever you interact with people, don't be there primarily as a function or a role, but as a field of conscious Presence.【译文】当你不在扮演角色，你的所作所为中就不再有自我，也没有保护和强化自我的必要。你的行动因而将变得更加有力，你能完全集中注意到当下，与当下同在。你而不用试着成为他人。你完全的成为自己，最有力，最有高效。 “我如何成为自己？”，这是个不该问的问题。这个问题暗示着你必须做点儿什么才能成为自己。因为你已经是你自己了，问“如何”是多余的。 还是别往自己身上贴不必要的标签了吧。 “可，我不知道我是谁，也不知道成为自己是怎么一回事儿”。你所要做的就是不在乎自己是什么，那么你就重新找回自己了— — 你是存在，肉体背后的存在，是属于纯粹的潜能范畴。不是任何可以定义的事物。 不要自定义自己了，别向自己或者同他人证明什么。不这么做你不但死不了，还会重生。也不要管自己别人如何看待你。 他们界定你，是他们自己画地为牢，是他们自己的问题。 与他人交流时，不要作为一个功能或者角色出现， 要成为有意识的存在。 【心得】想象一下，你作为一个个体时，在怎样的情况下最自在？在意识不到自己的时候最自在。 几乎所有人在接受面试时都会不自在，也有许多人害怕当众演讲。 为什么？因为在这些情况下，自我觉知（self awareness）最为强烈。自我觉知占据人的大脑的时候， 人就会紧张，害怕，恐惧。而当你沉浸在你在做的事情的时候， 忘记了自我的存在，甚至不能感知时间的时候，人是最自在的。 想想你看电视的时候， 想想你沉浸在你的工作或者学习或者娱乐的时候， 想象那些你全身关注与自己在做的事情的时候， 是不是经常忘记了自己的存在？在忘记自己存在的时候， 你是不是最轻松，最自在呢？ 一定是的。现在，你要做的就是，训练自己，在做任何事情的时候，都能尽快的达到忘我的境界。没有了自我，痛苦就会消失， 人的力量就会最大限度的释放。而相应带来的成就， 则是不可限量的。 做到这个，就是要做到 Focus.
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[自说自话]面试感受 expect the best
上周二，也就是3月1日，我飞去加州去面试一份工作。现在把当天的日记整理一下发在这里。
准备面试的这几天，都没有能好好锻炼。因为面试定在11点钟开始，我决定，在去面试之前去跑步。
尽管出发之前，我计划里自己的路线，但由于俺不善于辨别方向,我还是跑到了自己计划的方向的反面.这不是坏事,因为我反而跑进了一个风景优美的社区.我沿着在一条名字叫做Alameda 的路上跑。这条路两边非常漂亮。各家门前都有漂亮的植物或者花朵.房屋样式各个不同,颜色丰富.一路跑来非常惬意.
跑步之后, B&B 旅馆的老板娘给我准备了早餐,我有好多不能吃的,她都耐心的给我换了 :).
早餐之后就是去面试.我换好了行头,仔细检查了衣服,仪表,和自己准备的各项材料，就出发了. 由于距离不是很远,大概1.3英里,我就步行前往,顺便看看街道上有什么.我走的街道,据面试的老板后来说,是该镇的一条主要的购物 街.但我并没有觉得十分繁华.也许是周一，大家都在工作的原因吧。我用了大概25分钟走到距离面试的地方不远的一个咖啡馆,点了个中杯咖啡,边喝边review公司信息什么的.在距离面试15分钟的时候（10：45）,我离开咖啡馆,走进公司的办公室。
办公室在一幢白色小楼里面，里面感觉比较冷清。公司在二楼.敲门，开门的是前台，一个年纪看上去大概有40岁左右的亚洲人。她英语讲的非常好。我觉得她是华裔，但应该不是第一代移民。这是个小公司，一进去各个办公室都在眼底了。公司也不大，一间大屋子算是接待室，接待室一脚有一台电脑，机箱全开，似乎是为了散热。大间里有四间办公室，加一个洗手间。办公室是老板一间，另外一个程序员一间，前台（她也是office manager）一间。还有一间空着。这一间有可能是另外一个程序员的（刚离职，公司正在招第二个程序员）。也可能是给另外一个老板的。
我和老板先聊。他给我介绍了一下公司历史和现状：他和另外一个合伙人共同拥有这间公司，各占一半。公司主要产品一开始是由政府基金资助开始开发的软件，资金用完后，两人决定不在继续申请基金，而是创办公司来考销售来养开发。这个老板应该是个程序员的背景。另外一个是在UC Davis的一个教授。
我申请的这个职位，其实是公司尝试新的方向。老板的原话是“this is the first time we are hiring someone we do not have to”. 他的这句我，在我理解，就是要他对这个方向其实心有疑虑。这个新方向终极目的只有一个，扩展市场，增加销售。实现方法是开发新的面向本科生的教学应用软件以及配套教材。另外一个就是试水中国市场。首先是要汉化软件并且编写相关的教程，文档。这些是我首先要做的工作（如果被雇佣的话）。
之后，他问了一些关于我的编程经验，编程的风格，我的研究等一些问题。我一一作答。我自我感觉，他至少是对我比较满意的。
然后，老板安排我和程序员交谈。和员工交谈比较随意，他也问了我为什么要应聘这个职位等问题。他人比较随和。而且我感觉我们谈话的目的就是未来查看一下是否合得来。我觉得我表现不错。下午临走的时候另外一个老板曾经问过他是否跟我聊过，他说我们聊的不错，“It's nice to have him around”。这对我很重要。之后，我同另外一位员工通过电话聊了一下。本来是准备有Skype的，但是不知道为什么，Skype掉线频繁。最后是使用的老板的电话。她是在家工作的，远程上班，这个还挺好的。她问了我关于编程的问题，问我是喜欢描述性还是控制性语言。我感觉她是倾向于控制性语言的。我回答，简单的应用使用控制性语言，复杂的应用使用控制性语言，因为我们没有复杂应用，所以多半是使用控制性语言加简单控制性语言搞定。但是从同她的交谈（也包括同其他人的交谈中），我知道控制性语言其实可以很复杂。这个我应该好好研究一下。
之后是午餐，我们一起去了一家韩国餐厅，我点了一个什么豆腐，味道还不错。吃饭时候聊天进行的也非常好。我了解到程序员的老婆是中国人，亚裔前台有个小女儿，就快过生日了。老板的老婆是日本人，有两个女儿。 程序员在尝试Slowcarb diet。很有自律的没有吃米饭。而老板把程序剩下的米饭要过去吃了。从这一点上来看，他们相处是很不错的。我开了几个玩笑，关于PFC的。虽然书呆子气了一点，但是他们吃这一套。这也间接向他们传递我很专业这一信息。
下午的时候，另外一个老板也过来了。我先是跟他谈，然后是同两个老板还有那个远程的女员工一起group meeting。程序员虽然在，但是没有参加，而是在coding。
晚饭是和两个老板一起吃的。他们特意挑了一个有很多中餐的地方，还带我去逛了一个亚洲超市 （名字好象是99什么的）。从这些举动来看，他是想让我去的（要么就是想喝茅台了）。
两个老板在饭桌上还讨论了一下公司未来。关于微软的操作系统，关于OpenGL，关于Tablet，关于未来终端，关于netbook，关于Chrome应用，关于Cloud。关于公司软件的跨平台平台迁移。这些东西我可能以后再好好消化一下吧。
在美国吃中餐，最后会有幸运饼干。我的幸运饼干里面的纸条写着 “expect the best”。
晚饭后，下午才来的那个老板送我回旅馆。说会在一周左右给我答复。
到旅馆后，我给家人里打了电话，去商店买了些食物，然后又安排了第二天的行程，整理了行李。洗澡睡觉。
expect the best。
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Happy Lunar New Year
2011-02-03QingyangToday is Chinese Lunar New Year (AKA. Spring Festival ). And I have a present for you :)今天是中国的农历新年，也就是春节。今天我有礼物送给大家 ：）This year is the year of rabbit. One of my friends made a wallpaper featuring my rabbits, Dudu (white) and Frisco (black).今年是兔年。我的一个朋友用我家的兔子嘟嘟和小七的照片做了一个电脑桌面。We wish you a healthy, wealthy and happy year of rabbit! :)祝福各位身体健康，财运高照，万事如意！You can download the wallpaper in different sizes.
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一月第四周总结
这一周，我过的总体来说，不很好。周一的开始还好，我去健身房健身了，然后是参加OIE举办的关于毕业之后OPT的一个workshop，获得了一些相关的知识。唯一不清楚的，就是不知道我的专业是不是属于STEM之一，是不是有获得STEM加长OPT的资格。这个得等我更新I20之后才能知道。之后参加了Brett的Journal Club，然后是Job Talk。我得说，上Brett的课给我一些紧迫感，这种紧迫感使得我觉得有些Overwhelmed，然后就突然有什么也不想干的心理了。之后的Job talk也没有听进去多少，其他工作也没有干多好。倒是花了不少时间在实验室新到的电脑上。不过也没有折腾出来啥，装Ubuntu server版老装不上，症状是安装程序认不出硬盘和光驱，各种尝试均告失败。最可恶的是，我的电话在听Job talk时候调成了静音。青锻炼完之后给我打的所有电脑我都没有听到。她在外面等了好久，最后生气的来系里找我了。花了不少时间来安抚她。安抚好她了，可我自己心里还是不很舒服。周二的时候我尝试调整，这一天做的还可以。我早上跑了步，5 miles，去了邮局退东西。到系里的时候大概已经10点钟了。我又花了点儿时间，解决了Ubuntu的安装问题，原来在PC上安装时需要选ACPI=off这个选项(here is how to turn it off)。之后，把我做的ROI分析的数据重新做了一下图，发给了导师。在图中发现了有一个outlier。后来逐个检查才发向，这个被试的功能像扫描的时候不是Axial slice，而是采取了与AC-PC平行的slice。还没有想好这个该怎么解决。基本上想的是将结构像先deoblique一下，然后后续的分析就当他是正常数据来做。 这天一切完事儿后，我和青青一起去了Habachi 烧烤去吃了日式自助。这个自助不该吃。 吃自助的时时候碰到了喵喵的室友。周三，这一天我没有锻炼。这天有几个meeting，一个是一起学Presentation，另外一个是lab meeting。Presentation学习会还好，我给大家大概讲一下我给他们的code，然后让他们提问。最后给了大伙一个建议，让他们自己开始一个小project，开始写代码，我负责给看。我想，如果会读会写一些简单的代码，剩下的就是要在自己遇到问题之后自己去读documentation就好了。lab meeting 提醒我有许多要做的事情我没有做。情绪有开始不好。这天的好事是收到来自NBS的Dr. Woods的信说他们正在看关于H-1B工作签证的事情，如果这个很好解决的话，就会给我买机票让我去面试。我和青青一起研究了一下，写了一封回信给他，说明H-1B应该不是什么问题。但愿他也能得到同样的结论。这一天的时间主要花在了H-1B上。周四，事情开始变坏。我做了一个梦，梦到自己肚子疼，然后肚子就真的疼了起来。我给Nicole和Jennifer 发信说得取消转天（周五）的数据演示，然后就开始忍痛。这次疼的不厉害，阅读能是我的注意力转移，疼痛就不那么剧烈了。我问了一下喵喵最近数据处理遇到的问题，并且读了大家往来的邮件，尤其是Ben的邮件，觉得他的alignment 程序里面，同样缺少把功能像与结构像对齐的步骤。我和喵喵，Cindy跟Kara谈了一下这个问题，并且咨询了Ben更多的事情，确认了我的想法。 我把DTI computer上的软件配置好了，装上了TCSH 和AFNI，为数据处理做准备。Brett把下周Journal club要讨论的文献发给了大家，我选了其中的一篇看了。选的是Nikolaus Kriegeskorte, Martin A Lindquist, Thomas E Nichols, Russell A Poldrack 和 Edward Vul合写的 Everything you never wanted to know about circular analysis, but were afraid to ask (PDF)。这篇文章是对08年由Vul的一篇paper引发的fMRI数据分析的大讨论(Search here)的一个总结。在那场从互联网开始蔓延到学术期刊的讨论中，本文的作者中有正方(Kriegeskorte and Vul)和反方(Poldrack)代表，也有支出双方均有正确与错误的中间派(Linguist and Nichols)。这三方五个人在这篇文章里总结了一下这场讨论，并且指出了现在的fMRI数据分析的现状如何，如何正确分析数据，避免错误。文章很好，值得用fMRI作为研究工具的人尤其是初学者读一下。 这一切都是在肚子疼的时候干的。下午的时候，肚子不疼了，我还跑去Ramsey去和青青，喵喵还有韩卓会合打壁球了。回去的时候跟青说了我肚子疼的事。周五这天，我决定不去学校了。在家里远程连接学校的电脑，处理了一点工作的事情。洗了一下洗手间的垫子和座套。William来我家，给我送了一口平底锅，并且把它在网上下载的 Matlab for Neuroscientists 的那本书的附加资料刻成了CD给了我。我发现我家的CD-Rom坏了。其他时间就盯着电脑寻找适合我身材的西服。感觉很不好。周六过得堕落，除了出去买菜加跑了步之外，什么也没有做。青青的情绪也低落了起来，整天就是睡觉看电视。周日也是这样过的。这一周，我跑步两次，健身房一次。共跑步18.2英里。吃饭也没有跟上。由于记录不全，至少有500卡的赤字。 不敢多吃了有点儿。【写完没检查，欢迎挑错】
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I had a dream this morning
In the dream, I was in a hospital.I asked a nurse for a bed because I believed that I would be sick very soon."When will you be sick? Are you in pain now?" She asked."I am fine now, but I will have abdominal pain in about two hours", I replied."Come back when you are in pain." She refused my request.So, I grabbed a book from a table and sat down in the room, waiting for my pain to come.Then,I woke up. It was 7 am.I ate my breakfast and everything seemed fine. I went to school and started the day by reading slides about Presentation programming.Then, I felt pain around 10 am.My body does tell. I should listen more carefully.
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一月第三周总结
这周的周一是MLK日。这天天气不太好，我也起的晚。一开始我的心情并不是很好，因为我没能早期，并且在醒来之后赖床一个小时。这样就错过了早上计划好的锻炼。但是经过自己的努力，我在晚上的时候，找时间去了健身房，完成了自己的锻炼计划。这一天我还去帮Doree溜了狗并且去系里工作了3个小时。这3个小时的工作我非常的投入。虽然3个小时并没有使我完成所有的任务，但是专心工作所带了的投入感，让人心安。一切从周二开始变得更加美好。 青在上午5点45的时候起床，也叫起了我。我去跑步，她去Ramsey Center 去做Cyclying 。 之后，我完成了我所计划的所有事情：和David 一起做ICA 分析，查看对平滑降噪过的数据和未经平滑降噪的数据做ICA 会有怎样的不同的结果。这个事情持续了一周，大概每天都会跟David见面做一下这个事情。周五的时候有了初步的结果，然后汇报给导师。跟导师一起看这些结果，让我对这些结果有了更深的了解。另外，Lingxi总是能问一些问题，让我们也跟着学新东西。周二是我和Freya的Pizza night，我们到Your Pie 买了两个Pizza ， 一人一个。我要了辣椒酱底和双份鸡肉。觉得量变小了。以后我们可能不再去吃了。周三是会议日啊。有Presentation学习会，有fMRI学习会和实验室例会。这个星期的实验室例会因为两个倒是都有事情，所以取消了。我们实验室的第一次例会，得等到下个星期了。不过，另外两个会都挺有成效的。Presentation 学习会，我们商量了一下大概怎么利用三到四周的时间完成Presentation 的介绍，并且让每个人都能掌握一些基本的阅读代码的能力，从而能够自学。我花了点儿时间给大伙准备了点儿作业。下一周，我会讲一下我是如何编写这些代码的。fMRI学习会，主要是教会Nic和David使用新的 ANFI preprocessing Pipeline 和相关代码处理 fMRI 数据。Nic 观摩了Cindy如何使用 Pipeline，并且打印了代码去阅读。周四，没有会议，是完成自己工作的时间。我完成了BPD数据的绘图，并且跟Jennifer讨论了一下。她建议我把从ROI导出的最大与最小值也绘图出来，然后再把所有的ROI 按照左右脑分开，再看看结果。这部分工作我还没有做，我看看今天是不是能做一部分。然后剩下的在下一周的前一两天完成。这一天，我还给OIE， Health Center和Career center大了电话，预约了OPT workshop，取药和与职业咨询师面谈。 这一天过的很充实，但是到晚上的时候很困。周五，有时好几个会议。先是stats meeting，制定了几个星期的计划。我下星期要报告一下我的BPD数据，征求一下统计系教授们的意见，看看还能怎样分析这个数据。Jenae 跟我说，上次她给我的数据把坐标搞错了，因此得再重新画一次图。她会给我正确的数据。我答应要周日给她结果的。今天已经是周日了，记得要完成这项工作。然后就是上面说的，跟导师还有Cindy, David, Nic and Lingxi一起看ICA数据。 Kara的孩子 Corner 病了，因此没有与我们碰面。这一天我有点儿Mentally fatigue，或者说心理疲劳。表现就是不想工作，不能集中精神。于是我下午干脆就放纵自己看GR一个小时。不过这样一来，本来这周应该完成的工作，就得放到下周了。青说这是因为我没有喝咖啡的原因。如果真的是这样的话，那也算是有解的，哈。周六，是长跑日，我花了两个小时零九分钟，跑了15.6英里。比计划的慢了一点点。希望下周的时候能快一些。跑完步之后，我做了一个小时的瑜伽。这个课程叫做 阴瑜伽，非常的放松，也对我的肌肉有一些拉伸。然后就是吃和休息。青买了28磅的无花果，作为我的Power Food。无花果单位质量的热量高，100克里面有300大卡。5个无花果就有100克，一把而已。无花果还有好多纤维素。总之，是一种天然的高能量的健康跑步食物。这一周，我跑步三次，去健身房三次。总共跑步30英里，用时总共4个小时。在健身房把全身的肌肉都锻炼到了，除了腹肌。下一周我要记住在每次健身房锻炼之后，加上腹肌。这一周，我除了周一和周日之外，起床时间都在6点钟之前。晚上睡觉也基本达到了9点30左右上床。一切都按照计划，越来越好。上周跟Dr. Woods 通信两次。还没得到进一步发的消息。下一周，我要开始写论文。准备周五Stats meeting的PPT。准备Presentation meeting。BPD 数据处理完成。开始修改UG07 的文章。以上。
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一月第二周 总结
一月的第二周，其实是新学期的第一周。
作为新学期的第一周，可谓天公不作美，开头不顺。
从周末晚上开始，一场大雪飘下，把整个佐治亚州都洒满了银装。
佐治亚这个美国南方的州，可是对下雪没什么准备的。别说是厚达将近六七英寸的雪了，就是一英寸的雪下来，各个学校也要听课。果然的，下雪加上雪后的继续低温，让积雪到现在也没有融尽。这也给学校的新学期的投三天带来了停课，之后的周四周五也是早上10点才上班。这对学生们来说是个好消息——谁不愿意多放假呢？
但是，雪没有挡住我跑步。
这个星期我跑步四次，两次 easy run， 一次Speed work， 还有一次long run. 加载一起，本周我一共跑了27.5英里。
因为下雪的原因，健身房没有开，我取消了力量练习的计划，代之以跑步或者休息。周五的时候我参加了一次BodyPump，作为唤醒身体肌肉的联系。从下一周开始，我就要开始跑步与肌肉训练交替进行了。
这个星期，我完成了既定的一些数据处理，并且发给了导师看。
我和David meeting 了一次，指导他进行数据处理。
我给Dr. Woods 发了信，并且计划下一周再发一次。希望能尽快的得到Onsite-interview。
本周我读了一篇paper （太少了），收集了三篇和BPD相关的paper。
本周，学会了根据已有的Brain atlas 信息制作ROI mask。
这一周在我家和好友聚会了两次，一次是我发起的，一次是青青发起的。我发起的那次是周一，从想到这个idea，到招集朋友们来家，也就两个小时。上学吃火锅，过得真快活。青发起的这次是周五时计划好，周六的。周六大家锻炼后，好好的犒劳一下自己。两次都很成功，也很高兴。
本周去了一次Korger和Trader Joe's买吃的。
我还跟玉新继续保持通信，另外有给一个大学同学冷奇和大学时认识的朋友杜哥写了信。
End notes：
本周计划做但没有做的事情是：学习Python.
下周最重要的事情是，BPD 数据处理和相关文献的阅读，整理和收集。
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Generate anatomical ROI mask based on available atlas in AFNI
Here, I want to share a c-shell script I wrote last Friday (20110/11/14) . The script creates a mask which mask out all the brain regions except amygdala (amyg.), auditory cortex and Brodmann area 10. The three brain areas are the regions of interest (ROIs) of my study. The ROIs are based on the probabilistic cytoarchitectonic map called CA_N27_MPM (See Eickhoff et. al., 2006 [PDF]). This map comes with a widely used software package for Analysis of Functional NeuroImage, AFNI. And the commands used in the script are also from AFNI. The script was written to call tcsh. So, AFNI and tcshell are required. It can also work under other Linux and Unix shells if you do not have tcsh installed. Just change the first line of the script to call the shell you like. You can download the script here or copy the code below to any text editor and save as a ".sh" file. Use chmod to make it executable before you run it.
#!/bin/tcsh
#-xef
# I learned how to do this from http://afni.nimh.nih.gov/afni/community/board/re
ad.php?f=1&i=34988&t=34988#reply_34988
# Also see: http://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/program_help/whereami.html
# Qingyang Li
# 2011 01 14
#
#
# This script create 3 ROIs, Amygdala, Auditory cortex and Brodmann Area 10 (fro
ntal cortex). The there ROIs were labled as 1, 2, 3 in the resulted mask
# For BPD study, amyg. is the area of interest, Auditory is the control, BA10 mi
ght be related.
# The selection of atlas was following the sugestion by Poldrack, 2007(DOI:10.10
93/scan/nsm006)
#
echo ""
echo "22003_bpd2_stats_warped+tlrc must be availabe in the current directory with
the script, or it won't finish"
echo
echoecho "#### Step 1: create anatomical based ROI###"
whereami -mask_atlas_region CA_N27_MPM:120 -prefix 1 #amyg. CM
whereami -mask_atlas_region CA_N27_MPM:150 -prefix 2 #amyg. SF
whereami -mask_atlas_region CA_N27_MPM:215 -prefix 3 #amyg. LB
whereami -mask_atlas_region CA_N27_MPM:130 -prefix 4 #TE 1.0 Auditory
whereami -mask_atlas_region CA_N27_MPM:195 -prefix 5 #TE 1.1 Auditory
whereami -mask_atlas_region CA_N27_MPM:230 -prefix 6 #TE 1.2 Auditory
whereami -mask_atlas_region TT_Daemon:90 -prefix 7 #BA 10echo "### Step 2: combine ROIs into on file"
3dcalc -a 1+tlrc -b 2+tlrc -c 3+tlrc -d 4+tlrc -e 5+tlrc -f 6+tlrc -g 7+tlrc -expr 'step(a+b+c)+2*step(d+e+f)+3*step(g)' -prefix roi_mask_HRecho "### Step 3: resample the high resolution ROI mask"
3dfractionize -template 22003_bpd2_stats_warped+tlrc -input roi_mask_HR+tlrc -clip 0.5 -preserve -prefix roi_mask_LR # here we need a functional dataset as template (22003_bpd2_stats_warped+tlrc)Some endnotes:
1 The BA10 is from TT_Daemon, that’s because I can not find BA 10 or prefrontal cortex in the CA_N27_MPM atlas.
2 Region of interest (ROI) analysis of functional MRI data is very common these days. The key step to carry out an ROI analysis is to generate an ROI mask. The mask is then applied to the fMRI data, raw or processed, to out put only the information from the voxels within the ROIs. Data in the voxels outside the ROIs will be masked out of the analysis. This is a great way to reduce the dimensionality of the fMRI data.
Generally speaking, there are two ways to generate ROIs. 1) The ROI is based on the functional activation map. It’s a bottom-up, data-driven approach. 2) The ROI is based on the anatomical structures. This approach need some a prior knowledge of the study. For example, if you are doing an auditory perception experiment and you are interest in brain activity in the auditory cortex, you can then create a mask to mask out unrelated brain regions and leave only auditory cortex’s data (yes, if you’re doing a real scientific experiment, you will also need another region as the control ).
To create an anatomical ROI, you can a) draw ROIs on your subject's high resolution brain image; b) output ROIs based on existing atlas. Method a) needs training: it’s not easy to eyeball brain structure if you are not trained. I myself is lack of this kind of training. The script I created is method b).
3 if you want to know how many voxels there are in each ROI, you can use 3dmaskavd command.
3dmaskave -mask roi_mask_LR+tlrc -mrange 3 3 roi_mask_LR+tlrc
The command above will tells you how many voxels are in the ROI with a value 3 in it. (change -marange 3 3 to -marange 2 2 if you want the info of the ROI with a value 2 in it)
updated on 20110117: changed the last command, add options for 3dfractionize
updated on 20110118: added end note 3
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小孩小孩你别馋，过了腊八就过年
现在，国内应该已经有过年的气氛了吧。
身在海外，住的地方也不是华人聚居区，因此每年春节的气氛，几乎没有。没有气氛，那就制造气氛吧。
明天是腊八。我的记忆中，腊八就是过年的开始。
当我还是小孩子的时候，每到腊八，妈妈就会让我和妹妹一起帮忙剥蒜。剥蒜的事情我经常干，只是今天不同，除了需要剥很多之外，还要格外小心不能把蒜弄破了，弄伤了。还要把那些本身就有伤的挑出去。妈妈说，做腊八醋的蒜必须要白净，是不能有伤的。
蒜剥好了，白白胖胖的一大堆。妈妈找一个玻璃瓶子，通常是装糖水罐头的那一种广口瓶，把这些蒜都装进去。蒜们挤在一起，好不热闹。然后妈妈就开始往里面到醋。我看着那褐色的液体慢慢上升，试图把所有的蒜们都隐藏在自己的帷幕之内。不过还是有蒜露出小脸儿来，透过玻璃瓶子望着我。妈妈把瓶口密封，拧紧，放到窗台上，说：“这些蒜会变绿，等到他们全都绿透了的时候啊，就过年啦！”
接下来的日子，我和妹妹就会时不时的跑到窗台望一眼，蒜果然在变绿，更绿，完全绿…… 嗯，等等，我并没有注意到蒜们是什么时候完全绿的。接近过年时太多好玩的东西，我的注意力都被吸引走了。我猜蒜们是在我跟小伙伴们一起放鞭炮的时候变绿的吧，一定是……
再次见到蒜们，是大年夜。年纪小，守岁守的哈欠连天，连饺子出锅时震天的鞭炮也没能提起我的兴趣。饺子上桌，腊八醋也在小碟子中被端上来了。碟子中还有绿色的蒜。啊，腊八蒜！我几乎就要伸手去抓了，却被长辈的眼神制止。是哈，年夜饭的饭桌上，还是不要造次了。 夹了一颗，尝了一口，辣，还蒜，口水一下就流出来了。再看看剩下的那一半蒜，真的，连里面也是绿的，而且，是碧绿。真是，又好吃又好看。
年夜饭的饺子，是旧岁的最后一餐，也是新年的第一顿饭。这顿饭，年年是素饺子，腊八醋。腊八醋不仅仅是佐料，它就是年的一部分。
这个周末，我和青青到了超市买了醋和蒜。昨天虽然不是腊八，但我们已经等不及，做好了一瓶。青青问我，这个放在那里呢？我说，窗台。
我从青青手中接过腊八醋，放到窗台上时，忽然想起了妈妈说给我的那句童谣：小孩小孩你别馋，过了腊八就过年… …
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一月第一周 总结
这一周，我认真的跑步了。
所谓认真的跑步就是每次跑步要跑30分钟以上，距离在4miles以上。我的计划是每周一，三，五去健身房，去进行肌肉训练。周一主练胸肌和肱二头肌，周三练习下肢和肩膀，周五练习背部和肱三头肌。如此反复12周左右。但是因为这一周学校健身房没有开，我都以跑步锻炼代替了。我原本的计划还包括周二，四，六的跑步，一次一三五的跑步就是很慢的跑步。这样一来，这周我从2号到8号一共跑步6次，一共跑了36.5 miles，感觉非常好。
这一周，我发出了一份简历，得到了一个电话面试。
本来我的计划是每天发一份简历的。结果，事情并没有这么简单，我上个周末的时候写好了简历和新，然后发给了Jessi和Cindy让她们帮忙给我修改。她们周日发给我，我修改了之后有给她们看了一次。然后Freya帮我看了一次，她还请Marianne 帮我看了两段。几来几往，知道周二下午我才改好。我并没有但是就发出，而是心满意足的去睡觉了。
转天是周三，我发出了这份简历。当天晚上我就收到回信，对方说要电话面试。第二天一天都在准备，然手在下午的时候进行了面试。面试进行的很顺利。给我面试的该公司主管说他要同公司其他人碰一下头再联系我。我仍在等回信儿。
准备面试和等回信儿都让我比较兴奋，没有进行下面的简历修改和投递工作。因为，面试我的这个公司，是所有我准备申请的地方中，我最想去的。
在这里，我要感谢以上提到的所有帮我修改简历的朋友。还要感谢给我提供了面试建议的朋友：胡睿，Ben Austin，祖祖，我的导师Jennifer McDowell。 特别感谢Rachel Han帮我进行虚拟面试，这对我的帮助是大大的。当然，特别感谢Freya，所有的这一切，都离不开她的全力支持和指导。没有她的建议，我可能会草草的发出一份烂简历了。
希望我能得到这份工作。
这一周，我做了一些学期计划。
先是我的导师回来了，我跟她碰了两次头，讨论了一下这个学期我要做的事情。刚刚，我给她写了一下这个学期的简单计划，发给了她。我们还讨论商定了为实验室买一台DTI数据处理专用电脑和fMRI数据分析与备份服务器的方案。这两件事情终于尘埃落定。
我还同系里分管研究生事物的秘书Elizabeth碰了头，完成了一些Paper work。同时她在为我准备我的Program of Study，这些好了之后，我需要找我的committee members 一一签字，转换学习目标的手续就完了。这些事情学要在21日之前完成。
另外，同这学期我要TA的老师联系了一下，得知了这门原本需要两个助教的课程，这个学期很可能只有我一个人帮助他。我们一起更改了课程计划，把原本的要求学生写三篇论文改成了考三次试加一次短论文。这是一门有着110人的课，如果都是论文的话，判作业的工作量就太大了。现在这些也得到了解决。
其他事情
- 同Dean短暂会面，帮他解决Biosemi EEG系统的一个小问题。
- 尝试同我的高中同学们恢复联系，这个星期联系了吴玉新。我不着急，one at a time。
- 使用OhLife的服务已经有一个星期，非常喜欢它。每天晚上在Gmail里写日记，感觉很好。
- 越来越有意识的早睡早起，并且在自己累的时候及时小憩。
- 受OhLife的启发，我在豆瓣上发了两个帖子：【当你醒来，请回答】我今天的目标是 ...... 和 【睡觉之前，请写下】“我很感激••• •••今天我完成了••• •••”。 目的是早上起来话几分钟规划自己的一天，晚上回来之后总结一下。我相信，只要你做这两件事，就会给你带来幸福感。如果你愿意，也来参加吧。